Эй, коллеги -научные энтузиасты! Я рад поговорить с вами об оптимизации ДНК -полимеразы для секвенирования ДНК с высокой пропускной способностью. Как поставщик ДНК -полимеразы, я воочию видел, насколько важно иметь верхнюю полимеразу для этой технологии режущегося края.
Секвенирование ДНК высокой пропускной способности произвела революцию в геномике. Это позволяет нам последовать большие количества ДНК за короткое время, что очень важно для таких вещей, как персонализированная медицина, понимание генетических заболеваний и даже эволюционные исследования. Но чтобы это было очень хорошо работать, нам нужна оптимизированная ДНК -полимераза.
Давайте начнем с того, что на самом деле делает ДНК -полимераза. Это фермент, который синтезирует новые пряди ДНК, добавляя нуклеотиды в растущую цепь. В высокопроизводительной секвенировании мы хотим, чтобы оно работало быстро, было точным и обрабатывало различные типы шаблонов ДНК.
Скорость имеет значение
Одним из ключевых факторов в секвенировании высокой пропускной способности является скорость. Чем быстрее ДНК -полимераза может добавлять нуклеотиды, тем быстрее мы можем выполнить секвенирование. Чтобы оптимизировать для скорости, мы можем посмотреть на каталитическую скорость фермента. Некоторые мутации могут увеличить эту скорость. Например, модификация активного сайта полимеразы может более эффективно привязать его к нуклеотидам и быстрее добавлять их в растущую цепь ДНК.
Мы также обнаружили, что корректировка условий реакции может повысить скорость. Использование правильного буфера с оптимальными концентрациями pH и ионов может иметь большое значение. Например, ионы магния являются важными факторами ДНК -полимеразы. Поиск - настройка концентрации магния, мы можем повысить скорость фермента.
Точность является ключевой
Точность так же важна, как и скорость. В секвенировании одна ошибка может привести к неверному толкованию генетических данных. ДНК -полимеразы обладают корректурой активности, которая помогает исправить ошибки во время синтеза ДНК. Чтобы оптимизировать для точности, мы можем улучшить эту функцию корректуры. Некоторые из наших полимераз, какМ - MLV H - 2,0, были разработаны, чтобы иметь улучшенные возможности корректуры. Это означает меньше ошибок и более надежных результатов секвенирования.
Другим способом повышения точности является снижение не -специфического связывания. Иногда полимераза может связываться с неправильным шаблоном или добавлять нуклеотиды в неправильном месте. Модифицируя структуру полимеразы, чтобы сделать ее более специфичным для правильного шаблона ДНК, мы можем минимизировать эти ошибки.
Обработка разных шаблонов
ДНК поставляется по всем формам и размерам, а высокопроизводительная секвенирование часто имеет дело с различными шаблонами. Некоторые шаблоны могут быть трудными для последовательности, например, с высоким содержанием GC или вторичными структурами. Чтобы оптимизировать ДНК -полимеразу для этих сложных шаблонов, мы можем добавить вспомогательные белки. Например,SC Reca 2.0может помочь расслабиться вторичные структуры ДНК, что облегчает для полимеразы доступ к матрицу и синтезировать новую ДНК.
Мы также можем модифицировать саму полимеразу, чтобы быть более устойчивыми к различным шаблонам. Некоторые мутации могут сделать фермент лучше в работе с высоким содержанием GC или другими трудными - до - областями последовательности.
Стабильность и долговечность
В секвенировании высокой пропускной способности полимераза должна работать долгое время, не теряя своей активности. Мы можем оптимизировать для стабильности, изменяя структуру фермента, чтобы сделать ее более устойчивой к денатурации. Например, добавление дисульфидных связей может повысить стабильность белка.
Другим аспектом является полка фермента - жизнь. Мы хотим, чтобы наши полимеразы долгое время оставались активными во время хранения. Сформулируя правый буфер и условия хранения, мы можем убедиться, что полимераза остается стабильной и готовой к использованию при необходимости.
Совместимость с платформами секвенирования
Разные платформы для секвенирования с высокой пропускной способностью имеют свои собственные требования. Например, некоторые платформы используют обнаружение на основе флуоресценции, в то время как другие используют нанопоры. Нам нужно оптимизировать ДНК -полимеразу, чтобы быть совместимой с этими разными платформами.
Для платформ на основе флуоресценции полимераза не должна мешать флуоресцентным сигналам. Мы можем разработать полимеразу иметь низкую фоновую флуоресценцию и хорошо работать с красителями, используемыми в реакции секвенирования.
При секвенировании нанопор полимераза должна быть способна работать в определенных электрических и химических условиях нанопоры. Понимая эти требования, мы можем изменить полимеразу, чтобы быть более подходящей для этого типа секвенирования.
Наш портфель продуктов
Как поставщик ДНК -полимеразы, мы предлагаем ряд продуктов, предназначенных для удовлетворения потребностей высокопроизводительной секвенирования. НашМ - MLV H - 2,0Отлично подходит для обратной транскрипции и имеет отличную точность. АSC Reca 2.0Может использоваться в качестве вспомогательного белка для улучшения обработки шаблонов. И нашЭкзонуклеаза III 2.0Может использоваться для различных этапов обработки ДНК в секвенировании рабочих процессов.
Если вы находитесь на рынке для высоких - качественных ДНК -полимераз для ваших проектов с высокой пропускной способностью, мы хотели бы поговорить с вами. Являетесь ли вы исследовательской лабораторией, биотехнологической компанией или фармацевтической фирмой, мы можем предоставить вам правильные продукты и поддержку. Свяжитесь с нами, чтобы начать разговор о ваших конкретных потребностях и о том, как наши ДНК -полимеразы могут оптимизировать ваши процессы секвенирования.
Ссылки
- Альбертс Б., Джонсон А., Льюис Дж., Рафф М., Робертс К. и Уолтер П. (2002). Молекулярная биология клетки. Гарлендская наука.
- Браун, Т.А. (2002). Геномы. Уайли - Лисс.
- Metzker, ML (2010). Технологии секвенирования - следующее поколение. Nature Reviews Genetics, 11 (1), 31 - 46.