Привет! В качестве поставщика комплектов изотермической амплификации РНК меня часто задают этот вопрос: «Можно ли использовать набор из изотермической амплификации РНК для количественного анализа РНК?» Ну, давайте погрузимся прямо в него и разберем его.
Во -первых, что такое изотермическое усиление РНК? В отличие от более хорошо известной полимеразной цепной реакции (ПЦР), которая нуждается в нескольких температурных циклах, изотермическая амплификация РНК происходит при постоянной температуре. Это довольно изящная технология, которая завоевывает популярность в последние годы.
Одним из основных преимуществ использования набора для изотермической амплификации РНК является его простота. Вам не нужен причудливый термоциклер со всеми этими температурой - изменяющимися настройками. Это делает его более доступным, особенно для точечного тестирования или в ресурсах - ограниченных настройках. Но остается большой вопрос: можно ли использовать его для количественного анализа?
Давайте начнем с рассмотрения основных принципов количественного анализа РНК. Короче говоря, мы хотим точно знать, сколько конкретной молекулы РНК присутствует в образце. Это имеет решающее значение во многих областях, таких как вирусология для измерения вирусной нагрузки, или в исследованиях экспрессии генов, чтобы понять, как регулируются гены.
Традиционные методы для количественного анализа РНК, таких как ПЦР реального времени (КПЦР), были золотым стандартом. QPCR использует флуоресцентные красители или зонды для обнаружения количества амплифицированной ДНК (которая в реальном времени транскрибируется обратно из РНК). Цикл, при котором флуоресценция пересекает определенный порог (значение КТ), затем используется для расчета начального количества РНК в образце.
Теперь для РНК изотермических наборов амплификации. Эти наборы обычно работают с использованием ферментов, которые могут амплифицировать РНК при постоянной температуре. Например,Mira RNA изотермическая набор быстрого амплификации Basic - IIявляется одним из наших продуктов, которая использует эту технологию. Это может быстро усилить мишени РНК, но можем ли мы использовать их для количественной оценки их?
Ответ немного сложнее, чем простой да или нет. С одной стороны, есть некоторые проблемы. В отличие от QPCR, который имеет хорошо установленный метод количественного определения на основе значения КТ, изотермическая амплификация РНК не имеет прямого эквивалента. Кинетика амплификации в изотермических системах может быть более сложной, а такие факторы, как начальные условия реакции, активность фермента и доступность субстрата, могут оказать большее влияние на скорость амплификации.
Однако это не значит, что это невозможно. Некоторые исследователи придумали творческие способы сделать изотермическое усиление РНК подходящим для количественного анализа. Одним из подходов является использование внутренних стандартов. Как и в QPCR, вы можете добавить известное количество молекулы контрольной РНК в ваш образцо. Сравнивая амплификацию целевой РНК с акцентом контрольной РНК, вы можете получить оценку количества мишени РНК.
Другим способом является использование методов обнаружения флуоресценции в сочетании с изотермической амплификацией РНК. Например, некоторые из наших наборов, какMira RNA изотермическая набор для быстрого амплификации., может быть изменен для включения флуоресцентных зондов. Измеряя интенсивность флуоресценции во времени, вы можете контролировать процесс усиления и потенциально использовать его для количественного определения.
Давайте также поговорим о преимуществах использования наших комплектов изотермической амплификации РНК для количественного анализа по сравнению с традиционными методами. Как я упоминал ранее, простота и скорость являются огромными плюсами. С нашими наборами вы можете получить результаты за гораздо более короткое время по сравнению с QPCR, которая обычно занимает час или более. Это особенно важно в ситуациях, когда быстрый диагноз имеет решающее значение, как во время вспышки инфекционных заболеваний.
Более того, наши наборы очень специфичны. Они предназначены для того, чтобы нацелиться только на интересующие последовательности РНК, снижая шансы на ложно -положительные результаты. Эта специфичность необходима для точного количественного анализа, так как вы хотите убедиться, что вы измеряете только РНК, которая вас интересует.
Теперь давайте коснемся некоторых практических аспектов. Если вы рассматриваете возможность использования наших комплектов изотермической амплификации РНК для количественного анализа, есть несколько вещей, которые следует помнить. Во -первых, вам нужно оптимизировать условия реакции. Это включает в себя такие вещи, как концентрация ферментов, праймеров и других реагентов. Хорошо - оптимизированная реакция даст вам более воспроизводимые результаты, что является ключом для точного количественного определения.
Во -вторых, вам нужно проверить свой количественный метод. Это означает запуск нескольких повторений известных образцов и сравнение результатов с помощью эталонного метода, такого как QPCR. Делая это, вы можете установить точность и точность вашего количественного анализа, используя наши наборы из изотермической амплификации РНК.
У нас также есть еще один отличный продукт,MIRA ДНК Изотермическая набор быстрого усиленияПолем Хотя это для усиления ДНК, принципы количественного анализа в некоторых отношениях могут быть одинаковыми. Его можно использовать в сочетании с анализом РНК в некоторых случаях, например, когда вы хотите изучить взаимосвязь между уровнями ДНК и РНК в клетке.
В заключение, хотя наборы изотермической амплификации РНК сталкиваются с некоторыми проблемами, когда речь идет о количественном анализе РНК, это возможно с правильным подходом. Наша компания стремится предоставить наборы высокого качества и поддержать наших клиентов в изучении потенциала этих технологий для количественных приложений.
Если вы заинтересованы в том, чтобы узнать больше о наших комплектах изотермической амплификации РНК или хотите обсудить, как их можно использовать для ваших конкретных потребностей количественного анализа, мы хотели бы услышать от вас. Просто обратитесь к нам, чтобы начать разговор о закупках и о том, как мы можем работать вместе, чтобы достичь ваших целей исследования.
Ссылки
- Notomi, T., Okmama, H., Masubuchi, H., Yonekawa, T., Watanabe, K., Amino, N. & Hase, T. (2000). Петля - опосредованная изотермическая амплификация ДНК. Исследование нуклеиновых кислот, 28 (12), E63 - E63.
- Gootenberg, JS, Abudayyeh, Oo, Lee, JW, Essletzbichler, P., Dy, A., Joung, J., ... & Zhang, F. (2018). Обнаружение нуклеиновых кислот с CRISPR - CAS13A/C2C2. Science, 360 (6387), 439 - 444.